实验室污水按污水性质、成分及污染的程度可设置不同的排水系统，被化学杂质污染，对人体有害有毒物质的污水应设置独立的排水管道，这些污水经局部处理或回收利用后，使之符合国家规定的排放标准，才可排入水体或外部排水管网。
实验室废水的成分比较复杂，它受多种因素影响，如试验过程所用的原料、化学药剂、用水水质、水量、放射性同位素种类及使用后的化学组成等。一般废水可分为三类：含有机物质的废水、含无机物质的废水、含有机和无机物质的废水。
废水排入地面水体或城市排水系统时，必须符合国家标准GB 8978-1996《污水综合排放标准》中的规定和其他有关排放要求。

1、 废水的处理方法，一般有物理法、化学法、生物法。物理法主要利用物理作用以分离废水中的悬浮物；化学法主要利用化学反应来处理废水中的溶解物质或胶体物质；生物法是利用微生物的作用去除废水中的胶体和溶解中的有机物质。上述三种基本处理方法各有其特点和适用条件。实验室排出的废水所含的成分和性质比较复杂，有的甚至毒性较大，故处理方法各不相同。对于某种废水采用何种方法处理，单一方法处理或联合几种方法处理，应视废水的水量、成分、排放要求及回收利用可能性等经分析比较后确定。
在废水排入地面水体中要按排放要求来确定处理程度，同时应结合水体的自净能力，通常根据有害物质和溶解氧的指标来确定水体的容许负荷，即排入水体的容许浓度。

2、酸碱废水处理，实验室排出一些酸性或碱性废水，由于实验室的性质和类型不同，所排出的酸性废水种类、浓度等都不相同。因此，酸性废水在需要处理时应和其他非酸性废水分流排出。酸性或碱性废水在可能和合理的情况下要心里回收利用。
a、酸性废水处理方法，利用碱性废水进行中和，使混合废水PH值接近中性；在酸性废水中投加中和性剂；酸性废水通过碱性滤层过滤中和；离子交换法，电解法。
b、碱性废水处理方法，利用酸性废水进行中和，使混合废水PH值接近中性；在碱性废水中投放酸性中和剂（常用中和剂为硫酸）；向碱性废水中投入烟道废气（酸性气体CO2及SO2）；利用水体中二氧化碳中和碱性废水。或向碱性废水中投入压缩二氧化碳。